| триба | Мыши | Muriini | Gray | 1821 |
| подсемейство | Мыши | Murinae | Gray | 1821 |
| семейство | Мышиные | Muridae | Gray | 1821 |
| надсемейство | Мышеобразные | Muroidea | Illiger | 1811 |
| подотряд / подпорядок | Мышеобразные | Myomorpha | ||
| отряд / порядок | Грызуны | Rodentia | ||
| надотряд / надпорядок | Лавразиотерии | Laurasiatheria | ||
| легион | Эпитерия | Epitheria | ||
| инфракласс | Высшие звери (Плацентарные) | Eutheria | ||
| подкласс | Звери | Theriiformes | Rowe | 1988 |
| класс | Млекопитающие (Звери) | Mammalia | ||
| надкласс | Четвероногие | Tetrapoda | Broili | 1913 |
| подтип / подотдел | Позвоночные (Черепные) | Vertebrata (Craniata) | Cuvier | 1800 |
| тип / отдел | Хордовые | Chordata | ||
| надтип | Целомические животные | Coelomata | ||
| раздел | Двусторонне-симметричные (Трёхслойные) | Bilateria (Triploblastica) | ||
| надраздел | Эуметазои | Eumetazoa | ||
| подцарство | Многоклеточные животные | Metazoa | ||
| царство | Животные | Animalia | ||
| надцарство | Ядерные | Eukaryota | Chatton | 1925 |
| империя | Клеточные |
| род | Мышь домовая | Mus | Linnaeus | 1758 |
| род | Мышь-малютка | Micromys | Dehne | 1841 |
| род | Мышь восточная | Apodemus | Kaup | 1829 |
| род | Крыса обыкновенная | Rattus | Fischer | 1803 |
| род | Крыса пластинчатозубая | Nesokia | Gray | 1842 |
| род | Крыса малаккская | Lenothrix | Miller | 1903 |
| род | Крыса борнейская | Pithecheirops | Emmons | 1993 |
| род | Крыса красная | Pithecheir | Lesson | 1840 |
| род | Крыса сулавесская мягкошерстная | Eropeplus | Miller & Hollister | 1921 |
| род | Крыса сулавесская | Lenomys | Thomas | 1898 |
| род | Крыса маргаритова | Margaretamys | Musser | 1981 |
| род | Крыса флоресская | Papagomys | Sody | 1941 |
| род | Крыса комодская | Komodomys | Musser & Boeadi | 1980 |
| род | Мышь соневидная | Chiropodomys | Peters | 1869 |
| род | Мышь длиннохвостая | Hapalomys | Blyth | 1859 |
| род | Мышь малая | Haeromys | Thomas | 1911 |
| род | Мышь пальмовая | Vandeleuria | Gray | 1842 |
| род | Мышь лазающая | Vernaya | Anthony | 1941 |
| род | Крыса рыженосая | Oenomys | Thomas | 1904 |
| род | Крыса окуанская | Lamottemys | Petter | 1986 |
| род | Мышь колючая | Tokudaia | Kuroda | 1943 |
| род | Мышь полосатоспинная | Muriculus | Thomas | 1902 |
| род | Крыса травяная | Arvicanthis | Lesson | 1842 |
| род | Крыса бороздчатозубая болотная | Pelomys | Peters | 1852 |
| род | Крыса бороздчатозубая | Mylomys | Thomas | 1906 |
| род | (Канариомис) | Canariomys | Crusafont-Pairo & Petter | 1964 |
| род | (Малпаисомис) | Malpaisomys | Hutterer & al. | 1988 |
| род | Крыса индийская | Golunda | Gray | 1837 |
| род | Крыса кустарниковая | Hadromys | Thomas | 1911 |
| род | Крыса лохматоволосая | Dasymys | Peters | 1875 |
| род | Крыса акациева | Aethomys | Thomas | 1915 |
| род | Микаеламис | Micaelamys | Ellerman | 1941 |
| род | Крыса длиннохвостая | Stochomys | Thomas | 1926 |
| род | Мышь африканская | Thamnomys | Thomas | 1907 |
| род | Крыса кустарниковая | Grammomys | Thomas | 1915 |
| род | Мышь однополосая | Hybomys | Thomas | 1910 |
| род | Крыса крупнобарабанная | Bullimus | Mearns | 1905 |
| род | Крыса тонконосая | Taeromys | Sody | 1941 |
| род | Крыса приозерная | Limnomys | Mearns | 1905 |
| род | Крыса длинноногая | Tarsomys | Mearns | 1905 |
| род | Крыса темная | Tryphomys | Miller | 1910 |
| род | Крыса подушечковая | Abditomys | Musser | 1982 |
| род | Крыса индокитайская | Berylmys | Ellerman | 1947 |
| род | Крыса сулавесская гигантская | Paruromys | Ellerman | 1954 |
| род | Крыса зондская | Sundamys | Musser & Newcomb | 1983 |
| род | Крыса яванская | Kadarsanomys | Musser | 1981 |
| род | Крыса плаванская | Palawanomys | Musser & Newcomb | 1983 |
| род | Крыса сулавесская горная | Bunomys | Thomas | 1910 |
| род | Крыса горная | Stenomys | Thomas | 1910 |
| род | Крыса рюкюанская | Diplothrix | Thomas | 1916 |
| род | Мышь манипурская | Diomys | Thomas | 1917 |
| род | Крыса мягкошерстная | Millardia | Thomas | 1911 |
| род | Крыса южноиндийская | Cremnomys | Wroughton | 1912 |
| род | Крыса заподноафриканская | Hylomyscus | Thomas | 1926 |
| род | Крыса большеухая | Malacomys | Milne-Edwards | 1877 |
| род | Крыса многососковая | Mastomys | Thomas | 1915 |
| род | Крыса длиннонебная | Myomys | Thomas | 1915 |
| род | Крыса узкоголовая | Stenocephalemys | Frick | 1914 |
| род | Мышь полосатая | Lemniscomys | Trouessart | 1881 |
| род | Мышь полосатая полевая | Rhabdomys | Thomas | 1916 |
| род | Крыса африканская | Colomys | Thomas & Wroughton | 1907 |
| род | Мышь африканская водяная | Nilopegamys | Osgood | 1928 |
| род | Мышь широкоголовая | Zelotomys | Osgood | 1910 |
| род | Крыса миндорская | Anonymomys | Musser | 1981 |
| род | Крыса белобрюхая | Niviventer | Marshall | 1976 |
| род | Мышь древесная азиатская | Chiromyscus | Thomas | 1925 |
| род | Крыса шриланкийская | Srilankamys | Musser | 1981 |
| род | Леопольдамис | Leopoldamys | Ellerman | 1947 |
| род | Максомис (Крыса колючая восточная) | Maxomys | Sody | 1936 |
| род | Крыса большезубая | Dacnomys | Thomas | 1916 |
| род | Крыса банановая | Melomys | Thomas | 1922 |
| род | Парамеломис | Paramelomys | Rümmler | 1936 |
| род | Крыса голохвостая | Coccymys | Menzies | 1990 |
| род | Крыса соломонова | Solomys | Thomas | 1922 |
| род | Крыса чешуехвостая | Uromys | Peters | 1867 |
| род | Крыса мелкобарабанная | Apomys | Mearn | 1905 |
| род | Мышь арчбольдова | Archboldomys | Musser | 1982 |
| род | Крыса мозаичнохвостая | Pogonomelomys | Rummler | 1936 |
| род | Крыса белохвостая | Xenuromys | Tate & Archbold | 1941 |
| род | Крыса пещерная | Spelaeomys | Hooijer | 1957 |
| род | (Корифомис) | Coryphomys | Schaub | 1937 |
| род | Мышь кенгуровая | Lorentzimys | Jentink | 1911 |
| род | Крыса новогвинейская | Macruromys | Stein | 1933 |
| род | Крыса колючая | Echiothrix | Gray | 1867 |
| род | Мышь филиппинская болотная | Crunomys | Thomas | 1897 |
| род | Мышь зоммерова | Sommeromys | Musser & Durben | 2002 |
| род | Мышь длиннокоготная | Melasmothrix | Miller & Hollister | 1921 |
| род | Мышь тейтова | Teteomoys | Musser | 1969 |
| род | Крыса гигантская | Hyomys | Thomas | 1904 |
| род | Крыса крупнозубая | Anisomys | Thomas | 1904 |
| род | Крыса цепкохвостая | Pogonomys | Milne-Edwards | 1877 |
| род | Крыса чешуйчатохвостые | Chiruromys | Thomas | 1888 |
| род | Крыса древесная | Mallomys | Thomas | 1898 |
| род | Крыса лесная | Batomys | Thomas | 1895 |
| род | Крыса лусонская | Carpomys | Thomas | 1895 |
| род | Крыса пушистохвостая | Crateromys | Thomas | 1895 |
| род | Крыса тонкохвостая | Phloeomys | Waterhouse | 1839 |
| род | Крыса лусонская водяная | Celaenomys | Thomas | 1898 |
| род | Крыса полосатая | Chrotomys | Thomas | 1895 |
| род | Крыса хоботковая | Rhynchomys | Thomas | 1895 |
| род | Крыса безухая | Crossomys | Thomas | 1907 |
| род | Крыса водяная австралийская | Hydromys | Geoffroy | 1804 |
| род | Крыса водяная горная | Parahydromys | Poche | 1906 |
| род | Неогидромис | Neohydromys | Laurie | 1952 |
| род | Мышь очковая | Leptomys | Thomas | 1897 |
| род | Крыса водяная малая | Microhydromys | Tate & Archbold | 1941 |
| род | Паралетомис | Paraleptomys | Tate & Archbold | 1941 |
| род | Крыса водяная ложная | Pseudohydromys | Rumler | 1934 |
| род | (Myomyscus) | Myomyscus | Shortridge | 1942 |
| род | (Hooijeromys) | Hooijeromys | Musser | 1981 |
| род | (Castromys) | Castromys | Martín Suárez & Freudenthal | 1994 |
| род | (Halmaheramys) | Halmaheramys | Fabre, Pagès, Musser, Fitriana, Semiadi & Helgen in Fabre et al. | 2013 |
| род | (Paucidentomys) | Paucidentomys | Esselstyn, Achmadi & Rowe | 2012 |
| род | (Soricomys) | Soricomys | Balete, Rickart, Heaney, Alviola, Duya, Duya, Sosa & Jansa | 2012 |
| род | Прогономис | Progonomys | Schaub | 1938 |